实验室的大型仪器设备主要有扫描和投射电子显微镜，激光扫描共聚焦显微镜，活细胞工作站，双光子激光共聚焦显微镜，流式细胞仪，全内反射荧光显微镜，遗传分析系统，细胞代谢呼吸动态分析仪，台式超速离心机，超速冷冻离心机，超高分辨率显微镜，实时荧光定量PCR仪，连续波激光超高分辨率共聚焦系统，斑马鱼鱼房设备等。这些仪器设备实行统一管理、公共使用的制度。所有设备均登记造册，建立使用卡，严格执行使用登记手续。专职人员负责管理和指导实验人员使用。

       本实验室的仪器、设备全部对外开放。使用者所在课题组需支付仪器、设备所用消耗材料的费用。易损件按供货商的保证使用时间(或次数)折旧收费，以便日后的维护与更新。技术组负责仪器设备的日常维护和维修，费用由重点实验室支付。

       实验室制定了仪器管理和使用规章制度，保证了重要仪器设备的完好率、利用率。配备了预约和使用监控软件，实现了电子化管理。为满足研究人员和研究生研究工作的实际需要，实验室平台实行全天候（7天24小时）可预约制度：正常工作时段可接受所有人员预约；下班时段可接受经过培训的、能够熟练操作仪器的研究生和博士后预约。为了保证下班时段仪器设备的安全管理，使用非工作时段的人员、课题组长（导师）需要与平台签订非工作时段仪器使用三方责任书，保证使用者遵守操作规程、负责仪器和实验室安全。这一措施保证了仪器设备实现最大程度的共享使用。